Ο εκλιπών έδινε τους τελευταίους μήνες μάχη με την επάρατη νόσο, ωστόσο, δεν κατάφερε να βγει νικητής, με αποτέλεσμα να αφήσει την τελευταία του πνοή τα ξημερώματα της Τετάρτης (07/06).
Ο Γιάννης Ασσαργιωτάκης είχε συνδέσει το όνομά του με την ομάδα του Πόρου, η οποία αγωνίζεται στην Γ’ Εθνική και είχε φτάσει κοντά ακόμα και με την άνοδο στην Super League 2, ενώ ο ίδιος είχε διεκδικήσει ακόμα και την προεδρία της Ένωσης Ποδοσφαιρικών Σωματείων Ηρακλείου, χωρίς να καταφέρει να κερδίσει.I
Την είδηση του θανάτου ανακοίνωσε ο Πόρος, μέσω των social media της ομάδας, γράφοντας χαρακτηριστικά: «Καλό ταξίδι πρόεδρε, θα σε αγαπάμε για πάντα! Ο πρόεδρός μας Γιάννης Ασσαργιωτάκης έφυγε για το μεγάλο ταξίδι. Πρόεδρε θα σε αγαπάμε για πάντα!».
